AİHM, öncelikle askeri yetkililerin İbrahim Serkan Gündüz’ün askere alınmasının ve bu hizmete devam ettirilmesinin onun fiziki ve psişik bütünlüğü için ciddi bir risk oluşturduğunu bilmeleri gerektiğine inanmaktadır. AİHM, daha sonra, yukarıda tespit edilen ve askeri yetkililere atfedilen bu ihmallerin, İbrahim Serkan Gündüz’ü ölüme sürükleyen olayları tetiklediği kanaatine varmaktadır.
AİHM, mevcut davada, adli yardım talebinin reddedilmesinin, başvuranı, davasının bir mahkeme tarafından görülmesi imkanından yoksun bıraktığını tespit etmektedir. Yargılamanın ilk safhasında ilk derece mahkemesinde gerçekleşen bir kısıtlama sözkonusudur. Sözkonusu unsurlar göz önüne alındığında, AİHM, başvuranın, somut ve etkili bir şekilde idare mahkemesine erişim hakkından yararlanamadığı kanaatine varmaktadır.
Ancak konuyla ilgili somut bilgi ya da belge bulunmaması karşısında AİHM, başvuranın gözaltında tutulmasıyla amaçlanan hedefe ulaşılması için yetkililerin başvuranı askeri birliğine geri göndermesi için 12 güne ihtiyaçları olduğu ya da başvuranın bir hakim önüne çıkarılana kadar toplam 17 gün gözaltında tutulması gerektiği hususlarını ikna edici bulmamaktadır.
Yazı İşleri Müdürü tarafından Yayınlanan Basın Bülteni Daire Kararı Erçep/ Türkiye Mahkeme, başvurucuya inançları dolayısıyla Türkiye’de seçenek bir sivil hizmet öngörülmediğinden çok sayıda hapis cezası verilmiş olmasının Sözleşme’nin 9. maddesinin ihlalini oluşturduğuna karar vermiştir.
Mahkûmiyetinin “demokratik bir toplumda gerekli” olup olmadığı konusunda Büyük Daire Avrupa Konseyinin zorunlu askeri hizmete sahip olan veya olmuş 47 Üye Devletinin neredeyse tamamının askeri hizmete alternatifler sunduğuna dikkat çekmiştir. Dolayısıyla, bunu yapmayan bir Devlet, bir kişinin inanç hürriyetine müdahale etmesini meşru kılacak ikna edici ve zorlayıcı sebepler sunmak zorundadır. Avrupa Devletlerinin ezici çoğunluğunun deneyimlerinin gösterdiği üzere, yarışan çıkarları uzlaştırmaya muktedir tutarlı ve etkili alternatiflerin varlığı da hesaba katıldığında müdahalenin daha azı gerekli görülebilirdi.
Büyük Daire her tür zorunlu askerlik hizmeti sisteminin vatandaşlar üzerinde ağır bir yük olduğunu kabul etmiştir. Fakat, eğer adil bir biçimde paylaşıldığında ve Bay Bayatyan’ın durumunda olduğu gibi, hizmetten elle tutulur ve ikna edici temellerde muaf olunabildiğinde kabul edilebilirdir.
Mahkeme bununla bağlantılı olarak Türk mevzuatında askeri üniformayı vicdani veya dini sebeplerle giymeyi reddedenler açılarından herhangi özel bir hükmün bulunmadığını belirtir. Görünüşe göre konuyla ilgili uygulanabilir hükümler bir üst tarafından verilen emre itaat etmemeyi suç olarak düzenleyen Askeri Ceza Kanunun konuyla ilgili hükümleridir. Söz konusu yasal çerçeve bireyin inançları nedeniyle askerlik hizmetini yapmayı reddetmesinden kaynaklanacak durumları karşılamak açısından yeterli bir yol sağlamamaktadır. Başvurucunun bulunduğu duruma uygulanacak genel yasal düzenlemenin uygun olmayan doğası nedeniyle başvurucu sonu kesilmeyecek olan kovuşturmalardan ve mahkûmiyetlerden hep kaçmıştır ve halen de kaçmaktadır.
Başvurucu aleyhine mevcut olan çok sayıda kovuşturma ve kovuşturmanın sonucu olarak ortaya çıkan mahkumiyetlerin kümülatif etkileri ve kovuşturma ve ceza süreleri arasındaki ardıllık ilişkisi ve başvurucunun hayatının geri kalan kısmında kovuşturulabilecek olması olgusu başvurucunun askerlik hizmetini yapmasının sağlanması amacı ile orantılı olmamıştır. Söz konusu işlemler başvurucunun entelektüel kişiliğini ezmeyi, başvurucuyu aşağılayan ve onu alçaltan korku ve tedirginlik hislerinin doğmasına neden olmayı, reddiyetini ve kararlılığını kırmayı amaçlamıştır. Başvurucunun hemen hemen “sivil ölüm” olarak tabir edilebilecek gizli bir yaşamı sürmeye zorlanması ve başvurucunun bunu kabul etmek zorunda kalmış olması demokratik bir toplumdaki cezalandırma rejimine aykırıdır.
Sonuç olarak Mahkeme, olayları bir bütün olarak ele alarak ve söz konusu işlemlerin süreklilik halini ve ciddiyetini göz önüne alarak başvurucunun maruz kaldığı muamelelerin bir ceza mahkûmiyetinde veya tutuklulukta bulunan normal alçaltma unsurunun ötesine giden ciddi bir ıstırap ve acıya neden olduğunu belirtmektedir.